Chaque repaire de l'Akatsuki possède une caverne, ces dernières sont d'ailleurs les endroits les plus utilisés de chacun des membres. Elles sont toutes très grande au point de pouvoir accueillirent la statue géante de l'hérétique. La plus voluptueuse d'entre elles est la caverne du repaire Sud, se trouvant au pays de la foudre, on dit qu'elle serait assez grande pour pouvoir abriter un village entier. Il y a aussi celle du repaire Est, Nord et centrale. Toutes ces "grottes" sont incrustées de petites pièces ne prenant vraiment pas beaucoup de place, comme des chambres, des salles de bain ainsi que quelques pièces militaires. La plupart du temps, ce sont des grottes, mais pour une d'entre elles, ce n'est qu'un simple terrain vague entouré de montagnes, et tout ça sur une île inhabitée. Cette dernière n'abrite aucune réunions ou extractions de bijuu, pour la simple et unique raison, que la Lune Rouge veut à tout prix rester discrète et ne pas se faire déranger. Pour chaque repaire, un énorme rocher fait office de "porte d'entrée". Sur chacun de ces rochers est posé un parchemin à cinq sceaux piégé, tout cela pour ralentir l'ennemi ayant trouvé la grotte. Aucune planques de l'Akatsuki ne possède d'autres entrées, sur chacune il y a ce rocher géant.